電子顯微鏡有兩種類型，具有不同的工作方式：

1. 透射電子顯微鏡（TEM）

• 透射電子顯微鏡用于觀察電子可以穿過(guò)的薄樣本，從而產(chǎn)生投影圖像。  
• TEM在許多方面類似于常規(guī)（復(fù)合）光學(xué)顯微鏡。 
• TEM尤其用于對(duì)細(xì)胞內(nèi)部（薄片）進(jìn)行成像，蛋白質(zhì)分子的結(jié)構(gòu)（與金屬陰影形成對(duì)比），病毒和細(xì)胞骨架細(xì)絲中的分子組織（通過(guò)負(fù)染色技術(shù)制備），以及蛋白質(zhì)分子在細(xì)胞膜中的排列（通過(guò)冷凍斷裂）。

2. 掃描電子顯微鏡（SEM）

• 常規(guī)掃描電子顯微鏡取決于樣品表面二次電子的發(fā)射。 
• 由于其聚焦深度大，因此掃描電子顯微鏡是立體光學(xué)顯微鏡的EM類似物。
• 它提供了TEM無(wú)法實(shí)現(xiàn)的細(xì)胞和整個(gè)生物體表面的詳細(xì)圖像。它也可以用于顆粒計(jì)數(shù)和尺寸確定以及過(guò)程控制。 
• 之所以稱為掃描電子顯微鏡，是因?yàn)閳D像是通過(guò)將聚焦的電子束以光柵圖案掃描到樣品表面上而形成的。